Pada masa ini, USU mengendalikan lebih dari 100 Program Studi yang terdiri dari berbagai bidang pendidikan tinggi, yang dirangkumi dalam sepuluh fakulti dan satu program lepasan sarjana (pascasarjana). Dalam perkembangannya, beberapa fakulti di lingkungan USU telah menjadi embrio berdirinya tiga perguruan tinggi negeri baru, iaitu Universiti Syiah Kuala di Banda Aceh (dari Fakulti Ekonomi dan Fakulti Kedokteran Hewan dan Peternakan), IKIP Negeri Medan yang sekarang berubah menjadi Universiti Negeri Medan (dari Fakulti Keguruan dan llmu Pendidikan), Politeknik Negeri Medan (dari Politeknik USU).